Terminator 2'nin öyküsünün bıraktığı noktanın 10 yıl sonrasında başlayan Terminatör 3: Makinelerin Yükselişi'nde, John Connor sıradan bir işçi olarak çalışarak hayatını sürdürmektedir. Annesi Sarah Connor, geçen sürede ölmüştür ve ikilinin Terminator 2'deki çabaları, Skynet yapay zeka sisteminin kurulmasına engel olamamıştır.
Sarah'nın ölmesine rağmen John, halen insan direnişinin gelecekteki lideri olacağından Skynet, gelecekten onu öldürmek için bir kez daha bir Terminator gönderir. Dişi Terminator T-X önceki tüm Terminatör'lerden daha güçlüdür. Direnişçilerin John'u korumak için gönderdiği Terminator ise bu kez bir T-101'dir.
