Okyanusta yüzerken bulunan bir uzay gemisi herkesi heyecana boğar. İlk filmden hatırlayacağımız Taylor'un uzay gemisine çok benzeyen bu araçtan çıkan üç astronot başlıklarını çıkardıklarında yetkilerin şaşkınlığı daha da artar. Karşılarında insan gibi davranan üç robot durmaktadır. İlk serüvende Taylor'a yardım ettiğini hatırlayacağımız Cornelius ve Dr. Zira'ya ek olarak bir de Dr. Milo'dan oluşan mürettebat incelenmek üzere Los Angeles Hayvanat Bahçesi'nde müşade altına alınır.
Maymunlar yavaş yavaş tüm yeteneklerini sergilemeye ve yaşadıkları hikayeyi özetlemeye başlarlar. Gerçekten de gelecekten, 3955'ten 1973'e dönmeyi, yani Taylor ve arkadaşlarının yaptığı yolculuğun tersini gerçekleştirmeyi başarmışlardır. Yokolan bir dünyadan son gerike kalan canlılardır onlar. Dolayısıyla şimdi geleceği ve insan ırkını bekleyen tehlikeyi de bilmektedirler.
Kediler ve köpeklerin bir salgın sonucu nasıl yokolduğu; insanların ev hayvanı olarak maymunları beslemeye nasıl başladıkları; maymunların zamanla nasıl zeka kazandığı gibi ayrıntılari, incelemeleri yürüten ekibi dehşete düşürür. Ekibin başındaki Dr. Hasslien, her ne pahasına olursa olsun dünyayı bu gelecekten kurtarmak için gerçekleri deşmeye başlar. Bunlar ne yazık ki maymun dostlarımız için çok da rahat bir hayata işaret etmemektedir.
