Michelangelo (Noel Fisher), Donatello (Jeremy Howard), Leonardo (Pete Ploszek) ve Raphael (Alan Ritchson) bu yaz April O'Neil (Megan Fox), Vern Fenwick (Will Arnett) ve hokey maskeli yeni kahraman Casey Jones (Stephen Amell) ile birlikte daha kötü ve çok daha güçlü düşmanlarla savaşmak üzere sinemalara geri dönüyor. Hapishaneden kaçan Shredder (Brian Tee) dünyayı ele geçirmek için çılgın bilim adamı Baxter Stockman (Tyler Perry) ve iki ahmak fedai Bebop (Gary Anthony Williams) ile Rocksteady (Stephen Farrelly) ile elele verir. Kaplumbağalarımız, maskeli kahraman Casey Jones ve gazeteci April'ın yardımıyla kötü ekibi alt etmeye çalışırken bu kez de Shredder ile benzer amaçları güden ancak ondan çok daha güçlü olan Krangle (Brad Garrett) karşılaşırlar.
