Mamere ve Theo, Güney Sudanın bir kasabasının şefinin oğullarıdır. Kuzeyli gerillalar tarafından gerçekleştirilen saldırıda evini ve ailesini kaybeden Theo, şefin en büyük oğlu olarak bir grup genç ve kız kardeşi Abitali tehlikeden uzak tutmak için şef kimliğine bürünmek zorunda kalır. Grup zorlu yolculuk sonunda Kenyadaki toplama kampına ulaşır ve orada diğer bölgelerden kaçan 13 yaşındaki inançlı Jeremiah ve hayatta kalma becerisi çok yüksek olan Paul ile tanışırlar. 13 yıl sonra bu genç yetişkinlere kamplarından ayrılıp Amerikaya yerleşme fırsatı verilir. Kansasa vardıklarında onları iş kaynakları ajansından Carrie Davis (Reese Witherspoon) onlara iş bulmak için görevlendirilir.
Kendini başarılı bir şekilde duygusal karışıklıklardan koruyan Carrie, parçalanan hayatlarını yeniden inşa ederken, 21.yüzyılın zorluklarıyla mücadele etmek zorunda olan üç mülteciye yardım eder. Carrie, patronu Jackin de (Corey Stoll) yardımıyla, bu sırada kendinin hiç keşfetmediği yönlerini keşfeder Ortak kayıplarına karşın Kayıp Çocuklar, bu kültür karmaşasında yabancılarla komik ve dramatik mücadeler vererek Amerikada yaşamaya çalışırlar.