Amiral olan James Kirk (William Shatner), eski gemisi Atılgan'la yeni bir göreve çağrılır. Uzayda işgal için hazırlanan ve kötülük planları yapan bir istila gemisini etkisiz hale getireceklerdir.
Atılgan'la yaptıkları yolculukta kendi mürettabatını yanına alan Kirk, tuhaf uzay yaratıkları ile mücadele etmek zorundadır. Ancak sorunlar istilacı uzaylılarla kalmaz. Geminin içinde de bir iktidar savaşı sürmektedir. Atılgan'ın yeni kaptanı Williard Decker, Kirk'ün dönmesinden memnun değildir. Geminin içindeki huzursuzluk, uzaylılar karşısında yenilgi almalarına neden olur.
